事实上，对国产操作系统的质疑之一，是没有完整的生态系统，使用者难以获得与微软相同数量级的软件应用。
对此，倪光南称，可以利用应用商店这种符合用户需求和网络特点的模式对抗微软传统模式。他希望通过联盟的形式，可以快速覆盖到众多的操作系统上。其希望在10月推出国产桌面操作系统，并支持应用商店。并且其将采取公司化运作模式，把国内操作系统开发企业联合起来，制定标准。
不过，产业的思考则更为现实，企业往往希望建立自己的话语权。
普华软件在其产品中引入了“软件中心”的概念，这与应用商店类似。普华软件基础软件事业部产品总监陈剑辉表示，这并不是一个完整的应用商店，其所做的是选择了诸多基于开源技术的成熟应用和工具，并进行了优化改造，使其支持此次发布的产品。至于未来，则希望有更多的开发人员在其软件中心上提交更多的应用。
对于联盟的计划，陈剑辉则表示，以后通过联盟的合作，普华软件中心将变成18家操作系统平台上通用的应用商店。
至于移动端的国产操作系统，倪光南表示仍需要时间。但目前来看，后者的应用商店市场化运作更为充分，与桌面端相比更加难以统一。
市场前景或在关键行业
与移动端丰富的应用不同，桌面端的软件程序相对固定和成熟，用户的选择并不多。并且，桌面PC市场虽然在个人消费市场有下滑的趋势，但是针对企业用户仍然有较大的需求。这使得部分国产操作系统厂商认为“替代”是现实的。
普华软件总经理赵晓亮表示，针对党政军系统的办公需求，普华已经做好了相应比较完备的方案。普华软件已在中国电子科技集团公司总部及电科院、11所、14所、54所等直属二级单位的涉密终端和上海市市委办公厅等政府机关也部署了相应产品。
在发布会上，普华软件方面还透露，部分中国邮政储蓄银行的定制终端机和中国邮政农贸连锁门店收银系统已部署该公司产品，而海关总署和新疆生产建设兵团等也完成了相关部署。
在中央国家机关政府采购中心发布的最新一期通用软件协议供货招标品目后，随着个人操作系统名单从原有的4家增加至8家后，一些国产操作系统厂商开始获得来自行业订单：中标软件与戴尔签订战略合作协议，计划在戴尔商用计算机系列产品预装中标麒麟操作系统;思普已与联想达成合作协议，将在联想下半年面市的7款计算机上预装思普SPGnux操作系统。
分析人士指出，对于国产操作系统而言，政府机关和关键行业将是其重要市场。如果能够出台相关政策引导，其将有机会借力发展。因此，针对此次微软遭国家反垄断调查，一些业内人士也将其看做是对国产操作系统的一大利好。
