虚拟主机操作系统就是安装在虚拟主机空间中的操作系统。操作系统大致分为微软公司的windows系统和免费开源的linux系统。所以，虚拟主机基本分为Windows2000系列和UNIX系列主机。由于WEBSERVER与平台的相对独立，用户选择哪种类型的虚拟主机的变化已经不再明显，WEB浏览，FTP服务基本一致，只是选择不同的开发语言而已。
一、Windows操作系统。
Windows2000系列提供了较大的灵活性，支持ASP、PERL等语言。程序设计多为ASP语言，较为简单，网站开发成本也较低。同时，此主机提供对EXCEL、ACCESS、SQLSERVER等数据库的支持，为数据存储提供了很大的便利。
Windows系列用户虚拟主机下设置了3个子目录，htdocs;WebLog;database。htdocs—存放用户站点页面，即您应将文件上传至此目录下；WebLog—目录是用户网站的访问日志，每天一个文件，是一个只读目录。当用户测试网站出现错误时可以下载log.gz文件参考其内容；database—是一个只读目录,可以存放Access数据库等文件。
二、unix操作系统。
UNIX主机系列一般操作系统以BSD和LINUX居多。支持PERL、PHP等语言。数据库使用MYSQL。稳定性好，是UNIX虚拟主机的优势之一。
如果您的站点开设在Linux/Unix操作系统上，FTP根目录就是Web站点的根目录，您可以把文件直接上载到FTP根目录；建议您将PHP程序权限改为600，CGI/Perl，程序权限改为700，包含数据库密码等敏感信息的配置文件的权限也改为600，这样可以最大程度地保护您的源代码的安全。
根据存放的网站程序格式：一般php采用linux系统，其他都采用windows2000等虚拟主机。
